公司资金被冻结，税务局能从里面扣税。对于公司银行账户的存款高于被冻结金额部分可以自由支配，税务局可以继续扣缴税款，税务局依法通过通知银行予以扣缴。
《税收征收管理法》第三十 税务机关有根据认为从事生产、经营的纳税人有逃避纳税义务行为的，可以在规定的纳税期之前，责令限期缴纳应纳税款；在限期内发现纳税人有明显的转移、隐匿其应纳税的商品、货物以及其他财产或者应纳税的收入的迹象的，税务机关可以责成纳税人提供纳税担保。